Prodi Biologi mempunyai fasilitas akademik dan pendukung kegiatan akademik cukup memadai yang disediakan pihak fakultas dan universitas. Fasilitas akademik meliputi kantor jurusan, ruang kuliah, ruang dosen, ruang ujian, ruang abca, laboratorium, kebun percobaan, green house, kebun tanaman percobaan, unit pengolahan limbah organik, unit pengelollan hewan coba, kolam percobaan, unit pengolahan limbah organik, unit pengelolaan hewan coba, kolam percobaan, top groof green house, dan hitan mini. Pengelolaan penggunaan ruang di bawah kendali jurusan/prodi namun secara manajemen milik fakultas. Prasarana pendukung yang dikelola fakultas yaitu perpustakaan (162 m²); ruang sidang I (62,72 m²), ruang sidang II (162,4 m²), mushola (50 m²), dan ruang HIMA Biologi (21 m²).

Ruang perkuliahan dengan kapasitas 20-60 mahasiswa dan dilengkapi dengan pendingin udara (AC), whiteboard, dan LCD projector. Pejabat struktural menempati ruang jurusan sedangkan dosen lain menempati ruangan yang tersebar di lingkungan FMIPA. Dosen menempati 16 ruang yang ditempati 1-3 orang dosen setiap ruangnya. Satu ruang untuk 1 dosen sejumlah 2 orang (@30 m²), satu ruang untuk 2 dosen sejumlah 12 ruang (@15 m²), dan dua ruang (@70 m²) yang ditempati 3 dosen.

Gedung laboratorium Biologi terdiri dari 3 lantai meliputi laboratorium biologi dasar, kultur jaringan, mikrobiologi, riset, genetika, zoologi, mikroskopi, keanekaragaman, lingkungan, dan komputer. Ruang laboratorium memiliki ruang kerja yang cukup bagi 30-40 orang mahasiswa untuk praktikum. Laboratorium dapat digunakan untuk kegiatan praktikum serta penelitian mahasiswa dan dosen.  

Perpustakaan Prodi Biologi berada di perpustakaan FMIPA merupakan cabang perpustakaan Universitas Negeri Yogyakarta. Perpustakaan fakultas terkoneksi dengan perpustakaan universitas untuk pencarian referensi secara online (library.uny.ac.id) mahasiswa juga dapat memanfaatkan digital library dengan akses referensi online.

Laboratorium komputer prodi Biologi memiliki 40 komputer yang tersambung Local Area Network (LAN) lingkungan FMIPA dan Universitas. Seluruh ruang kuliah dan selasar di lingkungan FMIPA dilengkapi dengan jaringan wifi dikendalikan tingkat universitas oleh UPT Pusat Komputer (Puskom). Jaringan Komputer Utama (core network) UNY terhubung ke internet internasional (IX) dan internet domestik (OIXP) menggunakan IP transit dengan AS number 55674 melalui Internet Service Provider yang handal untuk menjamin konektifitas. Total bandwith internet sebesar 43673 Mbps pada tahun 2018, didistribusikan melalui jaringan fiber optic ke seluruh fakultas dan unit kerja yang ada di UNY. Jaringan ini dapat dimanfaatkan oleh dosen maupun mahasiswa menggunakan akun Single Sign-on (SSO).

Mahasiswa Prodi Biologi FMIPA UNY dapat beraktivitas di luar perkuliahan baik di lingkungan fakultas maupun universitas. Beberapa tempat aktivitas yang tersedia yaitu selasar gedung fakultas dan laboratorium, gedung organisasi mahasiswa fakultas, gedung olahraga dan kolam renang, gedung student center, kantin/foodcourt UNY dan Plaza UNY.